Zbiory Malarstwa Muzeum UJ liczą ponad 1400 obrazów. Najstarszy z nich pochodzi z końca XV wieku, najpóźniejsze to współczesne portrety profesorów Uniwersytetu Jagiellońskiego. Jądrem kolekcji malarstwa jest zespół portretów profesorów najstarszej polskiej uczelni. Posiadamy zbiór 28 portretów nowożytnych akademików krakowskich oraz wiele portretów profesorów z XIX i XX wieku. Kolekcja wizerunków profesorów jest najstarszą i najbogatszą tego typu kolekcją w Polsce. W dziale znajdują się również znakomite przykłady malarstwa okresu Młodej Polski (Malczewski, Mehoffer, Boznańska) oraz przykłady sztuki obcej. Do najwybitniejszych należy obraz J. Massys'a – Wenus z Amorem, Portret Joosta van den Vondla - autorstwa Ph. Konincka, czy też wczesna praca E. Delacroix – Duch ojca Hamleta.